1.機械層

        提供了16個機械層，它一般用于設置電路板的外形尺寸，數據標記，對齊標記，裝配說明以及其它的機械信息。這些信息因設計公司或PCB制造廠家的要求而有所不同。執行菜單命令Design|MechanicalLayer能為電路板設置更多的機械層。另外，機械層可以附加在其它層上一起輸出顯示。

2.禁止布線層

       用于定義在電路板上能夠有效放置元件和布線的區域。在該層繪制一個封閉區域作為布線有效區，在該區域外是不能自動布局和布線的。

3.阻焊層

       在焊盤以外的各部位涂覆一層涂料，如防焊漆，用于阻止這些部位上錫。阻焊層用于在設計過程中匹配焊盤，是自動產生的。

4.助焊層

       助焊層是機器貼片時要用的，是對應所有貼片元件的焊盤的，大小與頂層/底層一樣，是用來開鋼網漏錫用的。

5.絲印層

      絲印層主要用于放置印制信息，如元件的輪廓和標注，各種注釋字符等。Protel 99 SE提供了Top Overlay和Bottom Overlay兩個絲印層。一般，各種標注字符都在頂層絲印層，底層絲印層可關閉。

6.鉆孔層

     鉆孔層提供電路板制造過程中的鉆孔信息(如焊盤，過孔就需要鉆孔)。Protel 99 SE提供了Drillgride(鉆孔指示圖)和Drill drawing(鉆孔圖)兩個鉆孔層。